Więzienie zaprojektował wybitny architekt Henryk Marconi, znany z licznych realizacji obiektów użyteczności publicznej w całym kraju.

Zaprojektował nie tylko więzienie w Siedlcach jak również w Kaliszu i Płocku. Budowę siedleckiego więzienia rozpoczęto w 1841r., a prace budowlane prowadził Żyd Snel Grunberg pod kierunkiem Komitetu Budowy Domu Badań. Do budowy wykorzystano materiały miejscowe a przy budowie pomagali nie tylko więźniowie jak również miejscowa siła robocza. Do roku 1844, w którym dokonano otwarcia więzienia, wzniesiono gmach główny, budynek Sądu Komisji Poprawczej oraz ogrodzono wysokim murem. W drugiej połowie XIX w. rozbudowano zespół więzienia, m.in. w latach 1883-1885 wzniesiono budynek naczelnika więzienia, a w latach 1891-1892 kolejny gmach więzienny. Na początku XX w. dobudowano budynek administracji. Po II wojnie światowej cały zespół więzienia został poddany wielokrotnym przebudowom oraz rozbudowom.